2003年,王小慧应同济大学校长吴启迪邀请,回母校创办王小慧艺术中心,中心成为国内大学中最早的新媒体艺术研究机构,上海市政府世博会主题的政府团队成员,为世博会工作四年之久,后经过国际竞标成为世博会主题馆之城市足迹馆的总设计单位。

世博会之后,王小慧艺术中心开始承接各地政府各种文创项目,比如廊坊市政府的廊坊市科学发展成果大型展馆,大同市政府的古城灯光方案,南通市政府的创意园区实景灯光表演、天津河东区创意产业园规划设计等等。

同时,王小慧艺术中心还与国际品牌与国内外大公司合作艺术项目,比如宝马、MINI、巴斯夫、摩根大通与美国富顿集团、长发集团、证大集团等等。